Muziejus renka, saugo ir eksponuoja artefaktus, susijusius su Vilniaus ir kitų Lietuvos miestų medine architektūra.
Atskirą rinkinio dalį sudaro istorijos fondas, kuriame saugomi elementai ir daiktai iš muziejaus pastato - XIX a. 8 dešimtmetyje pastatyto medinio Užupio namo - istorijos.